Las noticias del levantamiento encabezado por Miguel Hidalgo llegaron pronto y causaron alarma entre el vecindario español; después de todo, habiendo sido antes párroco de la villa, el cura de Dolores era conocido y tenía amigos y discípulos en Colima. En octubre de 1810, las autoridades aprehendieron a los alcaldes de los pueblos de indios, reunidos en Almoloyan, sospechando que planeaban una sublevación. En realidad los indios del Cuartel de los Nahuales, igualmente alarmados por las noticias de que los "alzados" eran enemigos del Rey y avanzaban destruyendo los templos, se habían reunido para acordar su defensa. Se acusó de ser el incitador a José Antonio Díaz, párroco de Almoloyan y amigo personal de Hidalgo, quien más adelante sí se uniría al ejército insurgente.
Un mes más tarde, en noviembre de ese año, los insurgentes al mando de José Antonio Torres (hijo) harían su primer entrada a Colima. A pocos días la ciudad era retomada por los realistas, y luego nuevamente por los insurgentes; y así sucesivamente sin conservar ni uno ni otros la plaza. Hubo algunas batallas de significación local, en las que destacaron como militares José Calixto Martínez, alias "Cadenas", Ignacio Sandoval, Miguel "El Lego" Gallaga, entre otros.
En 1813, estando Colima en manos de los realistas, el cabildo juró la Constitución de la Monarquía Española y la villa pasó a ser ayuntamiento de la Diputación Provincial de Guadalajara. Tocó a Brizuela, colimense, comandante de la plaza en 1821, proclamar en Colima el Plan de Iguala, que solemnemente juramentaron las autoridades militares, civiles y religiosas.
Consumada la Independencia y siendo aún ayuntamiento de la Diputación de Guadalajara, Colima cedió a Zapotlán los pueblos de Tecalitlán y Xilotlán, a cambio del pueblo de Tonila. Con este acto, al perder su extremo nordeste el futuro estado se vio reducido a las dimensiones actuales.
Calmadas las aguas, en 1824 el Congreso otorgó a Colima la categoría de Territorio de la Federación, viéndose por primera vez libre de sus vecinos Michoacán y Jalisco, aunque por pocos años pues, en 1837 volvería a depender del primero, llamado entonces Departamento de Michoacán, del que Colima sería Distrito del sudoeste.
En ese lapso, los colimenses lograron abrir el puerto de Manzanillo al comercio internacional y de cabotaje , aunque por breve tiempo y adquirir su primer imprenta, que estrenaron en 1826 con la publicación del Manifiesto del coronel Anastasio Brizuela y en la que los señores Ramón R. De la Vega y Ramón Fajardo editarían, en 1830, El Observador de las Leyes, primer periódico colimense.
Debieron pasar nueve años para que Colima recuperara la categoría de Territorio; esperar dos más para reabrir Manzanillo al comercio marítimo internacional; y otros nueve para al fin, en 1856, verse elevado a la categoría de Estado de la Federación. Libre una vez más, el 19 de julio de 1857 instala su primera Legislatura y el Gral. Manuel Alvarez es declarado primer gobernador electo.
